Als einzige deutsche Universität ihrer Größe beherbergt die JGU fast alle Institute auf einem innenstadtnahen Campus, auf dem auch vier Partnerinstitute der außeruniversitären Spitzenforschung angesiedelt sind: das Max-Planck-Institut für Chemie (MPI-C), das Max-Planck-Institut für Polymerforschung (MPI-P), das Helmholtz-Institut Mainz (HIM) und das Institut für Molekulare Biologie (IMB). Der Campus der Universitätsmedizin liegt nur etwa einen Kilometer entfernt, die beiden Mainzer Institute der Leibniz-Gemeinschaft – das Institut für Europäische Geschichte (IEG) und das Römisch-Germanische-Zentralmuseum (RGZM) – liegen nur wenig weiter entfernt in der Innenstadt. Hinzu kommen zahlreiche forschende Unternehmen, die Mainz zu einem Forschungsstandort mit hoher Dynamik machen.