Die Medizinische Fakultät zählte zu den vier Gründungsfakultäten der Universität Münster, als diese 1780 errichtet wurde. Nach Schließung der Universität in den Wirren der postnapoleonischen Ära und deren Neugründung (1902) folgte - verzögert durch den 1. Weltkrieg - 1925 die "neue" Medizinische Fakultät. Damit noch vergleichsweise jung, zählt sie heute zu den größten und forschungsintensivsten Medizinischen Fakultäten Deutschlands. An der Westfälischen Wilhelms-Universität bildet sie zugleich den Fachbereich 5 - Medizin.
Das Forschungsprofil der Medizinischen Fakultät Münster ist geprägt durch vier klar definierte Schwerpunkte, der maßgeblichen Beteiligung am Exzellenzcluster "„Cells in Motion“" und weitere Stärken wie beispielsweise die Bildgebung. Im Bereich der Lehre hat sie sich mit Neuerungen wie einem hochgradig modular aufgebauten Studium oder dem "Studienhospital" den Ruf einer Einrichtung mit hoher Innovationskraft erworben. Über 2.000 Forscherinnen und Forscher, darunter rund 110 Professorinnen und Professoren, tragen mit ihren Leistungen zum wissenschaftlichen „Output“ der Medizinischen Fakultät bei. Das Dekanat unterstützt ihre Arbeit durch eine intensive Nachwuchsförderung sowie eigene Förderinstrumente, Leistungsanreize und Wettbewerbe. Engster Kooperationspartner der Fakultät ist naturgemäß das Universitätsklinikum Münster (UKM), ein Standort der Hochleistungsmedizin mit 1.425 Planbetten. Fakultät und Klinikum gliedern sich in rund 70 Institute und Kliniken.

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