Das wissenschaftliche Profil der MLU ist geprägt durch die geisteswissenschaftlichen Schwerpunkte „Aufklärung-Religion-Wissen“ und „Gesellschaft und Kultur in Bewegung. Diffusion - Experiment - Institution“ sowie durch die naturwissenschaftlichen Schwerpunkte „Materialwissenschaften – Nanostrukturierte Materialien“ und „Biowissenschaften – Makromolekulare Strukturen und biologische Informationsverarbeitung“. Eine besondere Rolle spielen außerdem die Agrarwissenschaften, für deren Profilierung in Sachsen-Anhalt die Universität Halle die alleinige Verantwortung trägt. Im Bereich der Medizin liegen die Schwerpunkte in der Epidemiologie, der Pflegeforschung und der Erforschung der Signalübertragung. Hier forschen und lehren neben Ärzten gleichberechtigt Pflegewissenschaftler. Das Dorothea Erxleben Lernzentrum ist eine der größten Lernkliniken für angehende Mediziner. Außerhalb ihrer Schwerpunkte versammelt die Universität eine Vielzahl kleiner Fächer, von denen einige deutschlandweit einzigartig sind.

Eng kooperiert die MLU als Mitglied des Mitteldeutschen Universitätsbundes Halle-Jena-Leipzig mit anderen Hochschulen sowie mit außeruniversitären Einrichtungen und der Wirtschaft. Örtlich sichtbar wird das auf dem Weinberg-Campus, dem zweitgrößten Technologiepark im Osten Deutschlands. Dort hat die Universität ihre naturwissenschaftlichen Institute konzentriert und arbeitet mit ansässigen Unternehmen und Partnern der großen deutschen Forschungseinrichtungen, wie der Max-Planck- und der Fraunhofer-Gesellschaft. International verfügt die hallesche Universität über ein weitreichendes Netzwerk an Partnerhochschulen.

Neben dem Weinberg-Campus hat die MLU drei weitere Hauptstandorte: Der zentral gelegene Universitätsplatz gehört zu den schönsten Europas und zu den traditionsreichsten Anlagen in Halle. Auf dem neuen Steintor-Campus sind viele geistes- und sozialwissenschaftliche Institute versammelt. In den Franckeschen Stiftungen zu Halle lehren, forschen und studieren Erziehungswissenschaftler und Theologen.