Fünf Institute bilden den Fachbereich Physik, Mathematik und Informatik: die drei Physik-Institute – Physik, Kernphysik und Physik der Atmosphäre –, das Institut für Mathematik sowie das Institut für Informatik. Das Institut für Kernphysik betreibt zudem das Mainzer Mikrotron MAMI, ein Teilchenbeschleuniger für Elektronenstrahlen, der für Experimente der Kern- und Hochenergiephysik benutzt wird.
In der naturwissenschaftlichen Forschung spielen neben den klassischen Bereichen Theorie und Experiment numerische Simulationen eine wesentliche Rolle. Manche Zusammenhänge können durch Versuchsaufbauten abgebildet werden; für komplexere Gegebenheiten greift moderne naturwissenschaftliche Forschung zunehmend auf Simulationstechniken der Informatik und Mathematik zurück. Der Fachbereich Physik, Mathematik und Informatik der JGU verdankt seine großen Erfolge und die hohe Anerkennung eben dieser Vielfalt in der Forschung, den durch interdisziplinäre Kooperationen erzielten Effekten sowie einem breiten Studienangebot mit attraktiven interdisziplinären Facetten. Die Physik-Institute der Johannes Gutenberg-Universität (JGU) zählen im Academic Ranking of World Universities (ARWU) 2014 zu den 75 forschungsstärksten weltweit. Zudem wurde die Mainzer Physik als eine der sechs besten Institutionen für Physik in Deutschland gekürt. Im CHE ExcellenceRanking 2015 wurde der Mainzer Physik bescheinigt, besonders forschungsstark und international orientiert zu sein. Im aktuellen Förderatlas 2018 der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) belegt die Johannes Gutenberg-Universität Mainz (JGU) in den Naturwissenschaften den Spitzenplatz, gefolgt von den Universitäten Hamburg und Bonn. Mit einer Summe von rund 70 Millionen Euro hat die JGU in den Jahren 2014 bis 2016 in den Naturwissenschaften unter allen deutschen Universitäten am meisten Fördermittel der DFG eingeworben. In der zweiten Phase der Exzellenzinitiative des Bundes und der Länder hat der Fachbereich Physik, Mathematik und Informatik mit einem Doppelerfolg abgeschnitten: Im Juni 2012 wurden Mittel in Höhe von € 30-40 Mio. für die Förderung der Graduiertenschule „Materials Science in Mainz“ (MAINZ) und des Exzellenzclusters „Precision Physics, Fundamental Interactions and Structure of Matter“ (PRISMA) bewilligt. An der Graduiertenschule, die sich der exzellenten wissenschaftlichen und praktischen Ausbildung von Promovierenden auf dem Gebiet der Materialforschung widmet, ist der Fachbereich Physik, Mathematik und Informatik maßgeblich beteiligt. Der Exzellenzcluster ist überwiegend in der Physik angesiedelt, ergänzt von Projekten aus Mathematik und Kernchemie. Daraus ergeben sich ideale Bedingungen für die Spitzenforschung kombiniert mit einer exzellenten Ausbildung der Studierenden sowie der Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses. Die Johannes Gutenberg-Universität Mainz geht jetzt mit dem Vollantrag für den Exzellenzcluster PRISMA+ in die abschließende Auswahlrunde des Wettbewerbs. Das international besetzte Expertengremium aus 39 von der Gemeinsamen Wissenschaftskonferenz (GWK) berufenen Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern hat die JGU aufgefordert, einen Folgeantrag für ihren Exzellenzcluster "Precision Physics, Fundamental Interactions, and Structure of Matter" (PRISMA) zu stellen.

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